Rafę koralową zamieszkują różnorodne zwierzęta, od czasu malutkich szybkich meduz po olbrzymie rekiny. Żółwie morskie występują tu w taki maniera licznie, jako w żadnym innym miejscu na świecie. Rafę koralową drąży potężna "armia" zwierząt - m.in. gąbki, robaki, muszle, jeże morskie oraz ślimaki żywiące się koralowcami. także różne gatunki ryb zjadają żyjące koralowce: nagozęby np. ostrymi przednimi zębami odrywają małe kawałki rafy. przy pomocy zębów trzonowych miażdżą odgryzione kęsy, żeby zajść do mięsa polipów. Rozgwiazdy mogą pochłonąć olbrzymią ilość koralowców. "Wywracają" swoje żołądki na drugą stronę oraz rozpryskują soki trawienne na polipy. następnie wciągają wnętrzności. żywność składa się spośród częściowo przedtem strawionej "zupy" koralowej.